แฟนพันธุ์แท้ 2003 ใช้รูปแบบเช่นเดียวกันกับรูปแบบของปี 2002 ซึ่งในปีนี้มีรายการแฟนพันธุ์แท้ทั้งหมด 29 เรื่อง เป็นเรื่องใหม่ 17 เรื่อง เรื่องเก่าที่นำมาจัดแข่งขันใหม่ 11 เรื่อง และการแข่งขันนัดพิเศษ 1 เรื่อง มีสุดยอดแฟนพันธุ์แท้ทั้งหมด 25 ท่าน จาก 24 เรื่อง ตอบคำถามสุดยอดแฟนพันธุ์แท้ผิด 5 ท่าน โดยในการชิงชัยสุดยอดแฟนพันธุ์แท้แห่งปี 2003 ได้มีสุดยอดแฟนพันธุ์แท้ร่วมเข้าชิงชัยทั้งหมด 25 ท่าน และสุดยอดแฟนพันธุ์แท้แห่งปี 2003 ก็คือ ป๋อง สุพรรณ สุดยอดแฟนพันธุ์แท้พระเครื่อง ครั้งที่ 2 นั่นเองนอกจากนี้ ในแฟนพันธุ์แท้ปี 2003ได้นำคำขวัญ "เที่ยวเมืองไทย ปลอดภัยทุกที่" มาแสดงที่ด้านล่าง หลังจากที่ไตเติ้ลเริ่มรายการจบลง